Моды, это сторонний контент, который не тестируется разработчиками игры на совместимость. И если сегодня, те или иные моды не вызывают проблем, нет никаких гарантий, что проблемы не появятся завтра. Тем более, игра постоянно обновляется. Сам играю без модов с 2017 года и с большинством проблем, о которых тут пишут, не сталкивался.
После переименования папки, вы проверяете Новую, чистую игру на проблемы с сохранениями. Если все работает без проблем, то, переносите saves и tray из старой папки. Снова проверяете. Если появились проблемы, то сломано сохранение. Если проблем не будет, то вычисляете проблемный мод/моды.