Consegui fazer o jogo reconhecer o controle fechando totalmente a steam e ligando o controle somente na tela de seleção de perfil dentro do fifa. Percebi que o problema era na steam quando desativei a função de colocar a steam em 1º plano e o jogo passou a reconhecer o controle, porem ao mexer o analogico, tambem mexia no ponteiro do mouse. Então fechei a steam por completo e iniciei o jogo e reconheceu direto.

obs: se entrar no jogo usando o teclado e depois conectar o controle, no online não vai reconhecer, pois o teclado fica como controle principal.